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NEWS蛋白质组学数据上传指南 - 金年会金字招牌至上网站
来源:卓和震 日期:2025-02-20在生物医疗研究的论文发表过程中,期刊通常要求作者将原始数据上传至指定的第三方数据库。那么,原始数据应上传至哪个数据库呢?如何完成这一步骤?本期,我们小心整理了当前国内外主流的生物医疗原始数据上传平台,并以国内常用平台为例,提供了详细的上传方法。
近年来,越来越多的期刊要求在发表生物医疗研究时,同时公开原始数据。这不仅方便审稿人检查数据和数据处理流程,以确保实验的可重复性与真实性;同时,提交论文时也不再需要独立上传大量数据,只需在文章中标注公共平台的数据项目ID,这样可以节省本地资源,简化投稿过程。此外,数据的公开将便利学术界进行成果的存储与共享,降低科研经费支出;共享数据还可以促进同行的多角度验证及数据的二次挖掘,提升研究的影响力和引用率。最后,数据公开符合伦理规范,可以督促研究者提供真实可靠的数据,有效避免学术不端行为。因此,选择一个公认的、可靠的数据公共平台是至关重要的。
在众多生物医疗数据共享平台中,ProteomeXchange是目前使用最广泛的蛋白质组学数据储存平台,由欧洲分子生物学实验室(EMBL)主导,致力于为全球研究者提供标准化和高质量的蛋白质组学数据存储与共享服务。ProteomeXchange通过其全球节点网络,能够实现数据的无缝整合与跨平台访问,为生物医疗研究者提供高效、可靠的数据共享平台。
ProteomeXchange的核心成员包括多个不同功能的平台,每个成员有其特定的侧重点,其中如PRIDE Archive、MassIVE、PeptideAtlas、jPOST、Panorama Public和iProX等。iProX作为中国的核心节点,承担着服务于亚洲及全球用户的责任。对于涉及人类遗传学等敏感数据的研究者来说,iProX尤为适合。接下来,我们将详细介绍如何利用iProX提交生物医疗原始数据的流程。
1. 数据准备
请注意,文件命名格式为研究缩写_数据类型_日期(例如:HCC_RAW_20231001),避免使用特殊符号。
2. 账号注册与登录
(1)若在上传数据前未注册iProX账号,请访问iProX官网,点击网页右上角的“Register”,填写个人信息(如姓名、单位、职称、密码、邮箱、选择地区等),并完成注册。邮箱确认后激活账号。
(2)若已注册账号,请点击右上角的“Signin”,输入账号、密码和验证码进行登录。
3. 项目创建
iProX提交系统以项目为单位进行数据管理,登录后可通过多种方式进行项目创建。请注意,如提示需要安装或升级IBM Aspera插件,请按照提示进行操作。
4. 项目信息填写
请根据要求填写必填项,并在填写完后点击“Continue”保存信息,若遇到填写错误,请根据提示逐一修改。
5. 填写子项目信息
子项目信息主要针对具体实验的详细信息进行填写,确保必填项得以完整填写。
6. 数据上传
iProX提供完整提交和部分提交两种数据上传方式。推荐使用部分提交中的Upload by Aspera方式,点击“Add file”添加准备好的数据文件。上传成功后即可提交数据,等待官方审核。
7. 数据分享与iProX ID查寻
需要分享iProX中的数据时,可以生成一个含有密码的链接进行分享。在文章中引用质谱原始数据时,只需列出iProX ID即可。
以上是关于在生物医疗研究中如何有效上传原始数据的流程,希望对广大科学研究者有所帮助。若需要更多优质的生物医疗服务与信息,欢迎访问金年会金字招牌至上网站,获取最新资源与支持。
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